一、范圍不同。土壤三普對(duì)象是全國(guó)耕地、園地、林地、草地等農(nóng)用地和部分未利用地的土壤。其中，林地、草地中突出與食物生產(chǎn)相關(guān)的土地，未利用地重點(diǎn)調(diào)查與可開(kāi)墾耕地資源潛力相關(guān)的土地，如鹽堿地等。調(diào)查面積約為陸地國(guó)土的76％。國(guó)土三調(diào)對(duì)象是我國(guó)陸地國(guó)土。
二、目的不同。土壤三普目的是查明全國(guó)土壤類(lèi)型及分布，全面查清土壤資源現(xiàn)狀和變化趨勢(shì)，掌握土壤質(zhì)量、土壤健康等基礎(chǔ)數(shù)據(jù)，實(shí)現(xiàn)對(duì)土壤的“全面體檢”。國(guó)土三調(diào)目的是全面查清某一時(shí)間節(jié)點(diǎn)全國(guó)土地資源數(shù)量及利用狀況，掌握真實(shí)準(zhǔn)確的土地利用狀況基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
三、內(nèi)容不同。土壤三普是對(duì)土壤理化和生物性狀、土壤類(lèi)型、土壤立地條件、土壤利用情況等的普查。國(guó)土三調(diào)是對(duì)土地利用現(xiàn)狀及變化情況、土地權(quán)屬及變化情況等的調(diào)查。
四、方法不同。土壤三普是調(diào)查采集表層土壤樣品，挖掘土壤剖面、采集分層土樣，分析化驗(yàn)土壤理化性狀等，是三維立體式調(diào)查。國(guó)土三調(diào)是在第二次全國(guó)土地調(diào)查利用類(lèi)型圖基礎(chǔ)上，通過(guò)遙感影像對(duì)土地利用現(xiàn)狀進(jìn)行判讀，實(shí)地調(diào)查核實(shí)變化土地的地類(lèi)、面積和權(quán)屬，是二維平面式調(diào)查。