棉花苗期病害種類多，為害重，其中發(fā)生最普遍，為害最嚴(yán)重的有產(chǎn)枯病、炭疽病等。發(fā)病率一般為20%～30%，嚴(yán)重時達50%～90%。尤其是早春低溫陰雨，棉苗長勢弱，出苗慢，極易遭受病菌的侵染，引起大量的爛籽、病苗和死苗，甚至缺苗斷壟，乃至翻耕毀種，嚴(yán)重影響棉田高產(chǎn)。
防治棉花苗期病害，應(yīng)采取如下綜防措施。
選種曬種
棉苗病害，如炭疽病菌多以生孢子和菌絲體在種子內(nèi)外越冬。播種前必須精選種子，汰除爛籽、病蟲籽和雜籽，還須搶晴天將種籽曝曬1～2 d ，以殺死種籽上所帶的部分病菌，提高種籽質(zhì)量，促進種籽后熟，便于提高種籽發(fā)芽率，促進苗齊，苗壯而病輕。
精細(xì)整地,開好排水溝
整地前全面、徹底清理棉田周圍的枯枝落葉和爛鈴，是防治炭疽病、立枯病等病害的有效措施。翻地前施足基肥，地要整平整細(xì)，以利出苗。棉田要開好排水溝，特別是地勢低洼棉田，要做到深溝高畦，尤其是南方棉區(qū)，春季雨水多，地下水位高，深溝高畦有利于排水，降低土壤濕度，收到防病保苗效果。
適時播種
遲播，不利于棉苗生長;早播，氣溫、土溫偏低，出苗太慢，有利于病菌侵入為害。通常以5 cm土溫穩(wěn)定在12℃以上為播種適期，即長江流域棉區(qū)最佳播種期為4月中旬，華北棉區(qū)最佳播種期為4月下旬。
輪作
棉立枯病主要以菌絲體或菌核在土壤中或病株殘體上越冬。在土壤中的病菌靠腐生生活可達2～3a 之久。炭疽病菌以分生孢子和菌絲體也可在病株殘體上越冬。棉花播種后，均能侵入棉苗引起發(fā)病。若進行水旱輪作，便能大量減少和消滅土壤內(nèi)的病原菌，對控制產(chǎn)枯病的炭疽病等為主的病害有良好作用。如與小麥、油菜、蠶豆等作物套種，應(yīng)及時分別對小麥扎把、油菜打老葉、吞豆打頂，便于通風(fēng)透光，降低田間濕度，可減少病害發(fā)生。
藥劑拌(浸)種
5.1 稻腳青拌種 用25%稻腳青可溫性粉劑0.5kg與10kg半干半濕細(xì)土加草木灰混合均勻，可拌棉籽100kg，以現(xiàn)拌現(xiàn)播為宜，不能拌后久放;也可用0.5%稻腳青水溶液拌種后貯藏15d 再播，可防治立枯病、炭疽病和疫病。
5.2 多菌靈拌種 用50%多菌靈可濕性粉劑1 kg，或25%多菌靈可濕性粉劑2 kg，拌棉種100 kg，可防治立枯病、炭疽病等苗期病害和棉花枯、黃萎病。
5.3 多菌靈膠懸劑浸種 用40%多菌靈膠懸劑0.7 kg，對水100 kg，可浸棉種50 kg，浸泡14h后，撈出稍瀝水即可播種，防治炭疽病、立枯病效果好，對棉花枯、黃萎病也有一定效果。
5.4 五多合劑拌種 五多合劑是非曲直由五氯硝苯與多菌靈的復(fù)配劑。拌種時用種子的0.5配備，拌后即或播種，可防治立枯病、炭疽病、紅腐病和疫病。
5.5 拌種雙拌種 用40%拌種雙可濕性粉劑按種子量的0.1%～0.2% 配備，拌后即可播種，可防治立枯病、炭疽病和疫病。
5.6 種衣劑拌種 種衣劑是由呋喃丹與多菌靈的復(fù)配劑。拌種時用種子量的0.5%種衣劑，拌種后即可播種，可防治立枯病、炭疽病和疫病，并能兼治苗蚜。
5.7 “802”拌種 棉花播種前，用“802”抗菌劑3000倍液，加棉籽重量的60%藥液，邊噴邊搓種，直到藥劑噴完為止，放置4～6h后播種。亦可用3000倍液淹沒棉種6～10h后，濾去多余的藥液即可播種。可防治立枯病、炭疽病和紅腐病等。據(jù)試驗，用“802”拌種后，棉花單株長一次側(cè)根數(shù)和5葉期單株干物質(zhì)重量比對照分別多5.85條和4.05%。
藥劑保護
棉籽出苗后，若遇低溫多雨，特別寒潮侵襲后，苗期苗病很可能發(fā)生流行，因此要及時用波樂多液(1：2：20)或50%多菌靈可濕性粉劑800倍液、或20%稻腳青可濕性粉劑1000倍液、或50%退菌特可濕性粉劑1000倍液，或其它有效農(nóng)藥進行防治和保護，每667m2每次用藥液kg。