綜合工時制加班費的計算方法根據(jù)具體的加班時間的不同而有所不同，如在工作日的加班費為不低于勞動者本人小時工資標準的150%進行支付。加班費的計算基數(shù)的確定方式有，如果勞動合同有約定的則以勞動合同上約定的本人工資為準等。
一、綜合工時制加班費怎么計算
綜合工時制加班費的計算方法：工作日的加班費按照不低于勞動者本人小時工資標準的150%支付；休息日按照不低于勞動者本人小時工資標準的200%支付；法定節(jié)假日則支付不低于工資300%的報酬。
法律依據(jù)：
《中華人民共和國勞動法》第四十四條規(guī)定，有下列情形之一的，用人單位應當按照下列標準支付高于勞動者正常工作時間工資的工資報酬：
（一）安排勞動者延長時間的，支付不低于工資的百分之一百五十的工資報酬；
（二）休息日安排勞動者工作又不能安排補休的，支付不低于工資的百分之二百的工資報酬；
（三）法定休假日安排勞動者工作的，支付不低于工資的百分之三百的工資報酬。
二、加班費的計算基數(shù)怎么確定
加班費的計算基數(shù)的確定方式如下：
1.按照勞動合同約定的勞動者本人工資標準確定；
2.沒有約定的，按集體合同約定的加班工資基數(shù)確定；
3.勞動合同、集體合同均未約定的，可按勞動者本人所在崗位（職位）正常出勤的月工資的70%確定。
三、加班費要扣稅嗎
加班費要扣稅。加班工資屬于員工正常的薪資，并不屬于國家統(tǒng)一規(guī)定的免稅項目，所以加班費應當計入個稅起征點，即并入當月的工薪收入的個人所得稅，進行依法納稅。
法律依據(jù)：
《個人所得稅法》第二條
下列各項個人所得，應當繳納個人所得稅：
（一）工資、薪金所得；
（二）勞務報酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特許權使用費所得；
（五）經(jīng)營所得；
（六）利息、股息、紅利所得；
（七）財產(chǎn)租賃所得；
（八）財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得；
（九）偶然所得。