工程鑒定機(jī)構(gòu)不公平的，工程鑒定當(dāng)事人是可以前往人民法院提起訴訟的，來確認(rèn)該份工程鑒定結(jié)果是無效的，從而來維護(hù)自己不被侵權(quán)，但是要有對應(yīng)的證據(jù)的。
一、工程鑒定機(jī)構(gòu)不公平怎么辦
首先如果懷疑司法鑒定機(jī)構(gòu)做假鑒定，要有合法依據(jù)和理由。委托人一般是法院等，法院審查理由準(zhǔn)許了可以做重新鑒定。
如果鑒定機(jī)構(gòu)有違反《全國人大常委會關(guān)于司法鑒定管理問題的決定》中的規(guī)定行為的課給予警告、責(zé)令改正的行政處罰，如果有嚴(yán)重違法情形的則可以給予在一定期限內(nèi)停止從業(yè)、撤銷登記的處罰。
如果有《司法鑒定機(jī)構(gòu)登記管理辦法》中規(guī)定違規(guī)情形的由省級司法行政機(jī)關(guān)予以警告并責(zé)令改正。在民事法律責(zé)任方面如果司法鑒定機(jī)構(gòu)在開展司法鑒定活動中銀違反相關(guān)法律和過錯行為應(yīng)承擔(dān)民事責(zé)任的，鑒定機(jī)構(gòu)承擔(dān)相應(yīng)的民事法律責(zé)任。違反刑法的，構(gòu)成犯罪的鑒定機(jī)構(gòu)的相關(guān)人員應(yīng)承擔(dān)刑事責(zé)任。
總而言之，拿出《決定》或《辦法》中規(guī)定的那些違法違規(guī)的情況的證據(jù)才能追究刑事民事行政責(zé)任。如果單純的認(rèn)為鑒定結(jié)果不可信，只能有合法依據(jù)和理由來申請重新鑒定。當(dāng)然如果只是懷疑，沒有實(shí)際證據(jù)則不會對實(shí)際情況產(chǎn)生影響。
二、工程造價司法鑒定的法律依據(jù)有哪些
《最高人民法院關(guān)于審理建設(shè)工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第十六條規(guī)定:當(dāng)事人對建設(shè)工程的計價標(biāo)準(zhǔn)或者計價方法有約定的，按照約定結(jié)算工程價款。因設(shè)計變更導(dǎo)致建設(shè)工程的工程量或者質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)發(fā)生變化，當(dāng)事人對該部分工程價款不能協(xié)商一致的，可以參照簽訂建設(shè)工程施工合同時當(dāng)?shù)亟ㄔO(shè)行政主管部門發(fā)布的計價方法或者計價標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算工程價款。
該規(guī)定表明：雙方當(dāng)事人對計價方法或計價標(biāo)準(zhǔn)有約定的，按照約定審價；如沒有約定，雙方又協(xié)商不成的，則按照簽訂建設(shè)工程施工合同時當(dāng)?shù)亟ㄔO(shè)行政主管部門發(fā)布的計價方法或者計價標(biāo)準(zhǔn)審價。
《最高人民法院關(guān)于審理建設(shè)工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第二十一條規(guī)定:當(dāng)事人就同一建設(shè)工程另行訂立建設(shè)工程施工合同與經(jīng)過備案的中標(biāo)合同實(shí)質(zhì)性內(nèi)容不一致的，應(yīng)當(dāng)以備案的中標(biāo)合同作為結(jié)算工程價款的根據(jù)。該規(guī)定表明，經(jīng)過招標(biāo)投標(biāo)，如果雙方當(dāng)事人違背招標(biāo)、投標(biāo)文件的規(guī)定，簽訂背離合同實(shí)質(zhì)性內(nèi)容的其他合同，工程造價司法鑒定應(yīng)以備案的按招標(biāo)、投標(biāo)文件簽訂的合同作為審價的依據(jù)。