就pcr假陰性問題總體來說有如下因素：
一、儀器因素
pcr實(shí)驗(yàn)對(duì)儀器的依賴性是很高的，離心機(jī)、擴(kuò)增儀都是造成pcr假陰性的因素。擴(kuò)增儀的主要問題是孔間差，引起擴(kuò)增失敗可擴(kuò)增效率降低。而離心機(jī)的影響則更容易被忽視。國內(nèi)使用離心機(jī)很少使用離心加速度（xxxg）作為參數(shù)指標(biāo)，而常使用轉(zhuǎn)數(shù)作為參數(shù)指標(biāo)，這里就存在著一個(gè)問題，由于離心機(jī)的大小不同，有效跳心半徑也不相同，因此同樣的轉(zhuǎn)速所產(chǎn)生的離心力相差很大（有的在數(shù)倍以上），所以在相同的離心時(shí)間下，有可能模板并沒有離心下來，造成pcr假陰性。這個(gè)問題在其他實(shí)驗(yàn)也有，但因基他實(shí)驗(yàn)都是測(cè)定大分子蛋白沉淀，對(duì)離心的速度要求較低所以不太明顯。建議使用小型臺(tái)式離心機(jī)的實(shí)驗(yàn)要注意一下這個(gè)問題。
二、試劑質(zhì)量問題
pcr實(shí)驗(yàn)的成功與否試劑的質(zhì)量至關(guān)重要，試劑的質(zhì)量問題涉及多個(gè)方面：細(xì)胞的裂解；模板的抽提；引物位點(diǎn)的選擇；taq酶的活性等等。其中任一環(huán)節(jié)出了問題都會(huì)引起結(jié)果的假陰性。這些都是試劑質(zhì)量的問題，因此選用高質(zhì)量的pcr試劑非常重要。
三、核酸模板問題
核酸模板質(zhì)量問題是制約pcrzui重要的因素之一。核酸模板在擴(kuò)增區(qū)出現(xiàn)斷裂、蛋白粘附、空間位阻等模板質(zhì)量問題都有可能引起擴(kuò)增失敗造成結(jié)果的假陰性或定量不準(zhǔn)確。由于無論什么提取方法都不可能得到*理想化的核酸模板，因此核酸模板質(zhì)量雖然與試劑的質(zhì)量有關(guān)，但它不可能由試劑質(zhì)量完*。
核酸模板問題除了模板本身的問題外，還存在模板溶液中抑制taq酶活性成分（如某些蛋白、離子等）作用，而導(dǎo)致擴(kuò)增效率降低甚至擴(kuò)增失敗的問題。對(duì)此，有人提倡進(jìn)行模板純化，效果較為明顯。但另一個(gè)問題又出現(xiàn)了，那就是怎樣保證純化的回收率問題?？傊?，核酸模板問題是不可避免的問題，只能努力去減少。
四、操作人員素質(zhì)問題
pcr實(shí)驗(yàn)的環(huán)節(jié)很多，而且對(duì)每一環(huán)節(jié)的質(zhì)量要求都很高，例如少加、漏加試劑、離心不充分、循環(huán)參數(shù)設(shè)計(jì)錯(cuò)誤、對(duì)于rna抽提降解、逆轉(zhuǎn)錄失敗等等都能造成結(jié)果的假陰性。因此要求pcr的實(shí)驗(yàn)操作人員有很好的素質(zhì)，能夠嚴(yán)格遵守操作規(guī)程，并能敏銳的發(fā)現(xiàn)問題和解決問題。
五、其他
pcr實(shí)驗(yàn)中從樣品的采集、運(yùn)輸、保存開始就可以引起結(jié)果的假陰性，而對(duì)于病原體檢測(cè)（如hbv）在人體血液系統(tǒng)出現(xiàn)有周期性變化也是值得注意的因素。