負染色(negative stainning)用重金屬鹽(如磷鎢酸鈉、醋酸鈾等)對鋪展在載網上的樣品進行染色，使整個載網都鋪上一層重金屬鹽，而有凸出顆粒的地方則沒有染料沉積。由于電子密度高的重金屬鹽包埋了樣品中低電子密度的背景，增強了背景散射電子的能力以提高反差，這樣，在圖像中背景是黑暗的，而未被包埋的樣品顆粒則透明光亮，這種染色稱為負染技術。負染色是只染背景而不染樣品，與光學顯微鏡樣品的染色正好相反。
電子染色的一種方法，背景是高電子密度區(qū)，樣品是低電子密度區(qū)，在電鏡下形成負的反差，主要用于病毒等生物大分子的觀察方法。