建設(shè)工程施工合同糾紛案件中，關(guān)于工程款爭議占據(jù)大多數(shù)。建筑工程工程款支付方式主要有直接支付至承包人的指定賬戶、支付給承包人的有關(guān)人員、支付給特定的第三方、以房屋抵償?shù)葞追N方式。
一、直接支付至承包人的指定賬戶
發(fā)包人將工程款支付至承包人的指定賬戶，無論是轉(zhuǎn)賬、現(xiàn)金匯款還是使用票據(jù)，對雙方來說都無疑是避免糾紛的最有效方式。即使付款或收款的憑證不慎遺失，任何一方都可以到銀行查詢交易記錄完成舉證，法院也可以通過調(diào)查取證查清付款的詳細(xì)信息。然而，全部工程款都采用此種方式支付的情況卻并不多見，原因在于建筑市場普遍存在著掛靠施工的現(xiàn)象，實(shí)際施工人只是借用建筑企業(yè)的資質(zhì)，以其名義簽訂合同、開具發(fā)票和制作施工資料，被掛靠的企業(yè)與工程發(fā)包人之間實(shí)際上并無財(cái)務(wù)往來。個別建筑企業(yè)為了便于實(shí)際施工人承建工程，專門為其設(shè)立分公司或單獨(dú)開設(shè)賬戶。這樣雖然在一定程度上可以規(guī)范款項(xiàng)往來，但畢竟有以合法形式掩蓋非法目的之嫌，并且掛靠雙方的本意是令彼此資金獨(dú)立開來，而在法律意義上總公司與分公司的財(cái)產(chǎn)、債務(wù)具有同一性，這對雙方而言都增加了很多不可預(yù)見的風(fēng)險(xiǎn)。
二、支付給承包人的有關(guān)人員
發(fā)包人將工程款直接支付給實(shí)際施工人的情形較多。除了實(shí)際施工人以外，承包人的財(cái)務(wù)人員、現(xiàn)場負(fù)責(zé)人或委托授權(quán)的其他人往往也會收取工程款。個人收款常見的第一個問題是沒有委托授權(quán)手續(xù)或手續(xù)不規(guī)范。有的案件中，雖然發(fā)包人能夠提供承包人有關(guān)人員收款的憑證，但是不能提供收款人的委托手續(xù)，或委托手續(xù)授權(quán)不明，由于施工隊(duì)伍構(gòu)成復(fù)雜、人員流動性大，根本無法找到收款人進(jìn)行核實(shí)，甚至根本無法得知收款人的身份信息，則增加了發(fā)生糾紛的幾率。第二個問題是沒有收款憑據(jù)或收款憑據(jù)不規(guī)范。個人收款，一般是收取現(xiàn)金或票據(jù)，然后出具收條、收據(jù)或經(jīng)簽字的票據(jù)復(fù)印件。如發(fā)包人收款后沒有出具收條，顯然會導(dǎo)致承包人舉證困難。如收款憑據(jù)不能如實(shí)、完整地記載收款日期、金額、事由、方式等信息，也容易引發(fā)糾紛。收款日期與實(shí)際不符、收款金額大小寫不一致、收款事由未明確與工程的關(guān)聯(lián)性等現(xiàn)象在審判實(shí)踐中都有所反映，但發(fā)生幾率相對較小。收款人向發(fā)包人出具借條而非收條的情況也時有發(fā)生，實(shí)際上當(dāng)事人之間僅存在建設(shè)工程施工合同關(guān)系，不存在借貸關(guān)系，出具借條的真實(shí)目的是預(yù)收工程款。但即使通過書面證據(jù)只能認(rèn)定為借款，也可以通過抵銷而計(jì)入已付的工程款范圍。
三、支付給特定的第三方
在建筑工程支付款支付方式中，發(fā)包人需要將一部分工程款支付給第三方，而承包人對此予以認(rèn)可或應(yīng)當(dāng)認(rèn)可的，同樣具有法律上的效力。
（一）支付給約定的第三方
發(fā)包人和承包人約定將工程款支付給第三方，該第三方通常是債權(quán)受讓人、材料供應(yīng)商、施工人員、供水供電單位、審計(jì)單位、材料檢測單位、規(guī)費(fèi)征收單位等，承包人對上述第三方負(fù)有債務(wù)，或發(fā)包人按約墊付了本應(yīng)由承包人支付的費(fèi)用。實(shí)踐中還出現(xiàn)過發(fā)包方提前向承包人支付工程款，但基于某種考慮而通過第三方過賬的情況。在雙方約定將款項(xiàng)支付給第三方時，沒有簽訂書面協(xié)議，或支付的憑據(jù)不完備的情形較多。有的發(fā)包人在代付費(fèi)用后，并沒有證據(jù)證明相應(yīng)費(fèi)用與工程的關(guān)聯(lián)性。在一起涉及代付規(guī)費(fèi)的案件中，由于政策原因，發(fā)包人在立項(xiàng)后即繳納了工程規(guī)費(fèi)，而后才與承包人簽訂合同，但簽訂合同時規(guī)費(fèi)繳納標(biāo)準(zhǔn)已作調(diào)整，部分規(guī)費(fèi)取消或減少，雙方又沒有明確此前多繳納的規(guī)費(fèi)如何處理，因此只能由發(fā)包人自行承擔(dān)。
（二）支付給法定的第三方
根據(jù)合同相對性原理，發(fā)包人一般只應(yīng)對承包人履行給付工程款的義務(wù)。而最高法院《關(guān)于審理建設(shè)工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第26條第1款規(guī)定，實(shí)際施工人可以直接向發(fā)包人主張權(quán)利，發(fā)包人在欠付工程價(jià)款范圍內(nèi)對實(shí)際施工人承擔(dān)責(zé)任。發(fā)包人據(jù)此向?qū)嶋H施工人支付工程款的，施工單位應(yīng)予認(rèn)可。此外，在轉(zhuǎn)包、分包或掛靠施工的情形下，實(shí)際施工人以承包人名義對外所負(fù)材料費(fèi)用、人工費(fèi)用等債務(wù)，符合代理或表見代理特征的，相應(yīng)債權(quán)人可向承包人主張權(quán)利，承包人在履行付款義務(wù)后，實(shí)際施工人也應(yīng)予以認(rèn)可。
（三）支付給基于其他因素確定的第三方
在實(shí)踐中，個別的承包人或?qū)嶋H施工人惡意逃避債務(wù)，引發(fā)集體信訪、上訪等社會問題。為了維護(hù)社會穩(wěn)定，保護(hù)弱勢群體的權(quán)益，行政機(jī)關(guān)或司法機(jī)關(guān)往往會介入?yún)f(xié)調(diào)，由發(fā)包人代為承包人履行相應(yīng)債務(wù)。發(fā)包人代為承包人履行債務(wù)后，即對承包人享有無因管理之債權(quán)，與工程款債務(wù)可作抵銷。常見情形一是墊付工人工資，二是墊付工傷賠償款。但發(fā)包人墊付款項(xiàng)后，在訴訟過程中承包人通常會對債權(quán)人的主體身份、標(biāo)的及墊付款項(xiàng)的真實(shí)性提出異議。因此，發(fā)包人在向第三方支付款項(xiàng)時，首先必須在行政機(jī)關(guān)、司法機(jī)關(guān)的組織和協(xié)調(diào)下進(jìn)行，不能擅自向第三方付款，更不能直接與第三方進(jìn)行結(jié)算。其次，必須仔細(xì)核實(shí)第三方的身份，且付款額度控制在第三方的債權(quán)范圍之內(nèi)。最后，還要妥善保留證據(jù)，同時尋求相關(guān)機(jī)關(guān)的見證。
四、以房屋抵償
一些房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)在不具備付款能力的情況下，會用其開發(fā)的房屋抵償部分乃至全部工程款。但在實(shí)際操作中，受房地產(chǎn)交易法律法規(guī)和政策的約束，這種抵償并不能和一般意義上的以物抵債一樣通過轉(zhuǎn)移所有權(quán)來完成，而是需要承包人聯(lián)系購房人、商談價(jià)款后，由開發(fā)商直接與購房人簽訂商品房預(yù)售合同并開具發(fā)票，但房款實(shí)際是由承包人收取。這種操作方式本身是不規(guī)范的，也容易產(chǎn)生糾紛。一方面，從手續(xù)上看，雖然購房人由承包人指定、價(jià)格由承包人確定、房款由承包人收取，但商品房預(yù)售合同是發(fā)包人（開發(fā)商）與購房人之間簽訂，發(fā)包人必須按照商品房預(yù)售合同的約定對購房人履行義務(wù)，同時還必須舉證證明房款已經(jīng)由承包人收取的事實(shí)。另一方面，抵償時的房屋價(jià)款與商品房預(yù)售合同約定的價(jià)款之間存在的差額部分如何處理，必須事先作出明確的約定。