殺菌鍋在長時間的工作后會在其的鍋內或鍋體外部出現(xiàn)結垢以及生銹。這可能會使得殺菌鍋的殺菌效果會產(chǎn)生較為嚴重的影響。為了防止殺菌效果出現(xiàn)影響應每隔三個月左右對殺菌鍋進行一次清洗，如果使用的殺菌用水水質較硬或經(jīng)常長時間的進行使用時，則應該每月進行清洗。
殺菌鍋內部會產(chǎn)生出一種成分為鈣鎂離子堿性的水垢，其能夠通過使用酸性的物質對其進行去除，但一些酸會對設備產(chǎn)生腐蝕。因此，一般都是使用清潔劑或除垢劑來對設備進行清潔，其對于金屬具有較低的腐蝕性，所以擁有較為良好的除垢效果。
殺菌鍋鍋體內部的油量較少時，能夠直接的使用酸性的洗滌劑來對設備進行清洗。可以使用1%-2%含量的燒減在溫度為75-80攝氏度的環(huán)境下進行半個小時左右的循環(huán)，然后在使用大量清水進行循環(huán)清洗，就可以對殺菌鍋清洗干凈。也可以選擇使用1%-3%的草酸在80-85攝氏度的溫度下進行一個小時左右的環(huán)流，然后再使用清水對設備不斷的進行循環(huán)。