以下原因可造成信號峰分裂：
色譜柱污染
毛塞局部堵塞
無效柱床
注射溶劑效應(yīng)
共洗脫化合物
在注射未經(jīng)過濾的樣品或者樣品溶劑和移動相不一致時，經(jīng)常會導(dǎo)致色譜柱污染或毛塞局部堵塞。如果是由于樣品溶劑的不匹配，樣品組分可能在色譜柱入口處與移動相相混時，或是與毛塞的金屬質(zhì)表面接觸時產(chǎn)生沉淀析出。
無效柱床的形成要么是由于流體動力學(xué)因素（高流速，移動相高粘度）對于裝填效果不佳的色譜柱帶來的應(yīng)力作用，要么是由于機械作用力（色譜柱掉落）或者在化學(xué)作用下出現(xiàn)填料溶解（比如，ph>12）。
當(dāng)注入溶劑的洗脫強度高于移動相時，會出現(xiàn)峰分裂或者峰形變寬。此效應(yīng)在早期出現(xiàn)的洗脫峰上表現(xiàn)得尤其明顯。
峰分裂也可能在任意兩種化合物發(fā)生共洗脫時出現(xiàn)。如果是這個原因，使用更高柱效（理論塔板數(shù)）的色譜柱應(yīng)能將峰信號彼此更好的分開。使用更小尺寸的填料顆粒或者提高柱長應(yīng)該能解決問題。提高工作溫度和/或減小移動相粘度也可能促進(jìn)分離效果。
此外，一種化合物可能在兩種狀態(tài)下被洗脫出來，比如，在移動相中呈離子對狀態(tài)的試劑量不足或者移動相緩沖能力不夠的話。