二手液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀能夠根據(jù)組分與固定相與流動(dòng)相的親和力不同而實(shí)現(xiàn)分離。組分在固定相與流動(dòng)相之間不斷進(jìn)行溶解、揮發(fā)（氣液色譜），或吸附、解吸過(guò)程而相互分離，然后進(jìn)入檢測(cè)器進(jìn)行檢測(cè)。具有超快速掃描、高速正負(fù)極性切換功能，實(shí)現(xiàn)高靈敏度、高穩(wěn)定性。維護(hù)簡(jiǎn)單方便，更換除溶媒單元時(shí)無(wú)需卸除真空狀態(tài)。*的多順序測(cè)定方式，一次進(jìn)樣可測(cè)得多種分析條件下的數(shù)據(jù)，大幅提高分析效率。
為了質(zhì)譜儀器的正常工作，必須要組成高真空系統(tǒng)的真空室。儀器使用了高性能的渦輪分子泵與前級(jí)真空泵構(gòu)成兩級(jí)真空機(jī)組以確保所需的真空，被分析樣品經(jīng)毛細(xì)管柱分離，進(jìn)入離子源。采用電子電力標(biāo)準(zhǔn)配置，產(chǎn)生正離子，在推斥、聚焦、引出電極的作用下將正離子送入四極桿系統(tǒng)。四極桿在高頻電壓與正負(fù)電壓聯(lián)合作用下形成高頻電場(chǎng)，在掃描電壓作用下，只有符合四極場(chǎng)運(yùn)動(dòng)方程的離子才能通過(guò)四極桿對(duì)稱中心到達(dá)離子檢測(cè)器，再經(jīng)離子流放大器放大，產(chǎn)生質(zhì)譜信號(hào)。得到了質(zhì)譜圖，通過(guò)解釋譜圖或進(jìn)行譜庫(kù)檢索以識(shí)別未知樣品的組成。
二手液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀分離極性物質(zhì)，選用極性固定液，這時(shí)試樣中各組分主要按極性順序分離，極性小的先流出色譜柱，極性大的后流出色譜柱。
分離非極性物質(zhì)一般選用非極性固定液，這時(shí)試樣中各組分按沸點(diǎn)次序先后流出色譜柱，沸點(diǎn)低的先出峰，沸點(diǎn)高的后出峰。
分離非極性和極性混合物時(shí)，一般選用極性固定液，這時(shí)非極性組分先出峰，極性組分(或易被極化的組分)后出峰。
對(duì)于能形成氫鍵的試樣、如醉、酚、胺和水等的分離。一般選擇極性的或是氫鍵型的固定液，這時(shí)試樣中各組分按與固定液分子間形成氫鍵的能力大小先后流出，不易形成氫鍵的先流出，易形成氫鍵的后流出。
對(duì)于復(fù)雜的難分離的物質(zhì)可以用兩種或兩種以上的混合固定液。