目前使用二種激發(fā)照明方式，一為透射方法，另一為反射方法。透射激發(fā)是過去沿用下來的方法，往往只需在普通顯微鏡前方設(shè)置一個超高壓汞燈作光源，燈前設(shè)置激發(fā)濾光片，在目鏡處設(shè)置遏止濾光片，這樣即可作一般透射熒光觀察，比較經(jīng)濟實用，使用也很習慣。目前的透射熒光顯微鏡，其聚光鏡用，暗場熒光照明固然有它的優(yōu)點，但對使用也帶來不便之處，主要是暗場聚光鏡的高低位置調(diào)節(jié)及水平面上的調(diào)中都比較困難，此外，由于暗視野及微弱的熒光象使顯微鏡調(diào)焦成象也比較困難。
與透射熒光相比，采用反射激發(fā)熒光具有以下一些優(yōu)點：
一、由于本身起著聚光鏡作用，因此*省卻了聚光鏡調(diào)中及上下調(diào)節(jié)問題。物鏡轉(zhuǎn)換后，對透射顯微鏡來說，聚光鏡仍需調(diào)中心。而反射則不需要。
二、對于透射激發(fā)時，大部分熒光產(chǎn)生于朝聚光鏡一面的標本表面層，顯微鏡是通過標本厚度來觀察熒光象的，因此，標本的熒光象由于透過標本厚度時被標本的吸收及散射等原因而減弱了，而在反射激發(fā)時，激發(fā)光照射的方向與觀察方向是一致的，這種方法獲得的熒光象的亮度可以比較高，并且成象質(zhì)量也好，尤其對厚標本的觀察更是優(yōu)于透射熒光觀察。
三、所采用的紫外光源功率比較低，這是在同樣亮度熒光象情況下，反射激發(fā)熒光光源功率可以比較低，一般來說，透射熒光顯微鏡所采用的高壓汞燈的功率要200 瓦，而落射熒光顯微鏡所用高壓汞燈功率只要70 瓦，這就可以大大減小標本熒光的衰退速度，這對觀察及顯微攝影都極為有利，因此，在熒光顯微鏡中，提高顯微鏡收集熒光的能力比加強熒光光源強度更重要。
四、中高倍觀察時，落射照明的熒光亮度比透射照明高得多，而低倍觀察時，則相反，透射照明的熒光亮度比落射照明要高，這種情況是由于透射照明時采用一個聚光鏡，適用于各種倍率物鏡，而落射照明時，物鏡也起聚光鏡作用，也就是不同的物鏡有不同的聚光鏡，高倍時能充分利用紫外光。
五、在落射照明中，物鏡既起聚光鏡作用又起物鏡作用，當它起聚光鏡作用照亮標本時，由于標本的照明光強與聚光鏡的na 平方成正比，在此，也即與物鏡的na 平方成正比。在成象光路中，熒光象的亮度又與物鏡的na 平方成正比，因此，在落射熒光中，物鏡na 的提高對提高熒光象的亮度效果極大，從上面所分析的結(jié)論，熒光象的亮度實際上與物鏡的na 的四次方成正比，所以要研制中倍率的高na 的物鏡是很有意義的。此外，采用浸液物鏡，可以避免標本與物鏡間的反射損失，這對提高熒光象的亮度也是有利的。落射熒光裝置中的二向性分光鏡與主光軸成45°傾斜，它的功能是反射激發(fā)光線，而讓標本所發(fā)出的熒光通過，由蓋玻片所反射的激發(fā)光有遏止濾光片阻擋掉，這樣，觀察熒光象時背景是*黑暗的。
六、利用反射激發(fā)時，顯微鏡工作臺下的透射照明裝置可作混合照明用。例如，熒光與相襯聯(lián)合使用，此外，利用臺下的明場照明可作尋找目標用，這要比直接使用熒光（暗視野）尋找目標方便得多。當用明場定標后，再轉(zhuǎn)換至熒光，對所需要觀察的目標進行短波激發(fā)，然后進行觀察或顯微攝影。如果要攝影的話，應(yīng)事先做好一切準備，以利于抓緊時機及時把所要記錄的圖象記錄下來。