truseq amplicon - cancer panel（tsacp）
illumina公司的泛癌panel通過高度多重靶向重測序方法，使用212個擴增子靶向48個基因檢測癌癥基因組數(shù)百個突變熱點中的體細(xì)胞突變。適合臨床快速地發(fā)現(xiàn)、驗證和篩選癌癥相關(guān)遺傳變異。
tsacp臨床應(yīng)用可行性驗證文獻(xiàn)
文章驗證了truseq amplicon - cancer panel（tsacp）應(yīng)用臨床實驗室的可行性
validation of a next-generation–sequencing cancerpanel for use in the clinical laboratory
birgitte b. simen, et al. doi: 10.5858/arpa.2013-0710-oa
文章背景：新一代測序的發(fā)展方便了小樣本多基因突變的高通量處理和高靈敏檢測。對于包括癌癥在內(nèi)的多種疾病，了解病人目標(biāo)基因全面的突變情況有助于護理、臨床試驗以及進一步研究。
目的：驗證一個泛癌的高通量檢測是否適合臨床使用。
設(shè)計：從68份臨床樣本和5份正常對照中提取dna。其中64份 用truseq amplicon cancer panel（illumina公司）成功處理，運行4次完成測序。數(shù)據(jù)使用4種不同filter設(shè)置分析（測序深度和突變頻率cutoff）。
結(jié)果 ：40個樣本構(gòu)建的文庫能在一次運行中成功測序，并且測序深度足夠進行穩(wěn)健的數(shù)據(jù)分析。使用臨床樣本和對照品的稀釋表明突變檢測靈敏度低至5%。檢測具備高重復(fù)性和可重復(fù)性，并且與臨床驗證的sanger測序結(jié)果100% 一致。使用 ampliseq cancer hotspot panel（thermo公司）做對比檢測，97% 的突變兩種panel都檢測到了。
結(jié)論：驗證了truseq amplicon cancer panel是一種高靈敏度、高通量的泛癌突變panel，作為癌癥相關(guān)42種基因熱點突變的檢測適合用于臨床檢驗的常規(guī)使用。
方法和產(chǎn)品
dna提取
血液和骨髓樣本dna提取：qiaamp dna mini kit （qiagen公司）
ffpe樣本：qiaamp dna ffpe kit （qiagen公司）
fna樣本：qiaamp dna micro kit (qiagen)
dna定量 ：qubit dsdna br assay（thermo）
ffpe 和fna樣本質(zhì)控：ffpe qc kit（illumina）
擴增子文庫制備：truseq amplicon - cancer panel （illumina）
測序： miseq reagent kit（illumina）
sanger測序等驗證產(chǎn)品略
訂購信息
品牌
產(chǎn)品
貨號
規(guī)格
qiagen
qiaamp dna mini kit
51304
50次
qiagen
qiaamp dna ffpe kit
56404
50次
qiagen
qiaamp dna micro kit
56304
50次
thermo
qubit dsdna br assay
q32850
100次
illumina
ffpe qc kit
wg-321-1001
384次
illumina
truseq amplicon - cancer panel
fc-130-1008
96 樣本
illumina
miseq reagent kit
ms-102-2002
300次
自備儀器：miseq測序儀、qubit 熒光定量儀等
華雅旗下紅榮微再（上海）生物工程技術(shù)有限公司主營醫(yī)療和細(xì)胞治療等產(chǎn)品。
：1500 1904 520。紅榮微再-客服: 經(jīng)銷商專員