無土栽培所用的基質(zhì)，經(jīng)過長期連作后，容易聚積一些病毒，不利于育苗工作的正常進行。為此，在完成每次育苗后，要對基質(zhì)進行一次消毒。常用的消毒方法有蒸汽消毒及化學藥品消毒兩種。
蒸汽消毒較為經(jīng)濟，將蒸汽轉(zhuǎn)換裝置安裝在鍋爐上，把蒸汽管道通人種植床內(nèi)，即可進行基質(zhì)消毒。沒有鍋爐設備的，可用甲醛、氯化鈷、甲基溴和漂白劑等藥品進行化學消毒。
甲醛40%濃度（福爾馬林），加水50倍，每平方米噴灑20-40升，密封覆蓋24小時以上。處理后，再風干15天即可使用。甲醛殺菌效果好，但對線蟲及昆蟲婁效果差。
氯化鈷為液體，使用量為每立方米基質(zhì)噴灑150毫升。噴灑在基質(zhì)表面上，覆蓋封閉3天，使用前風干幾天。它對線蟲、昆蟲、菌類及雜草種子的殺傷效果良好。但對人和植物有毒害作用，使用時要注意安全。
甲基溴主要殺傷線蟲、昆蟲、雜草及一些真菌類，每10平方米基質(zhì)，噴灑1～2公斤藥液，封閉48小時，再風干幾天即可使用。它對人體有毒害作用，要注意安全。
漂白劑（次氯酸鈣或次氯酸鈉）及次氯酸，主要用于水培消毒。將上述藥品配成1%的濃度，用來洗刷、浸泡水培池，一般浸泡半小時。使用后再用清水沖洗干凈，以消除對植物有害的氯。