在普洱茶渥堆過程中，細(xì)菌數(shù)目極少，沒有發(fā)現(xiàn)致病細(xì)菌，這是各種微生物之間拮抗作用的結(jié)果。如酵母和霉菌的大量繁衍，能抑制細(xì)菌的生長(zhǎng)。同時(shí)，國(guó)內(nèi)外研究表明，茶葉中的茶多酚也能抑制對(duì)人或動(dòng)物有致病性的細(xì)菌的生長(zhǎng)繁殖。
在普洱茶渥堆過程中，除上述幾種微生物外，還有少量和極少量未檢出的微生物。結(jié)合普洱茶渥堆過程中主要微生物的消長(zhǎng)變化與品質(zhì)關(guān)系的研究結(jié)果可知：普洱茶制作過程中微生物的菌種變化是極其復(fù)雜的。從不同處理比較分析可知，黑曲霉始終處于優(yōu)勢(shì)地位，酵母菌的總數(shù)居次，細(xì)菌數(shù)目極少，沒有發(fā)現(xiàn)有致病細(xì)菌。
在普洱茶渥堆過程中，這些微生物都對(duì)普洱茶的品質(zhì)形成產(chǎn)生作用。有的微生物自始至終對(duì)普洱茶品質(zhì)形成發(fā)揮著重要的作用，有的微生物是在普洱茶加工的某一階段發(fā)揮著形成普洱茶獨(dú)特風(fēng)格的作用，有的微生物則不利于普洱茶品質(zhì)的形成。因此，在普洱茶加工過程中從原料入手，研究普洱茶品質(zhì)形成的水熱條件，分析普洱茶渥堆過程中微生物的生理特性是揭示普洱茶品質(zhì)形成機(jī)理的核心內(nèi)容。
微生物生命活動(dòng)和代謝產(chǎn)物是普洱茶形成的重要因子。在渥堆的過程中，由于濕熱作用為微生物的活動(dòng)和代謝創(chuàng)造了良好的條件，同時(shí)也給茶葉的化學(xué)成分變化提供了熱源，加強(qiáng)了酶系活動(dòng)。又因霉菌能利用各種多糖作為碳源，進(jìn)行糖代謝，產(chǎn)生大量的多糖和單糖，為酵母提供足夠的營(yíng)養(yǎng)后迅速繁衍，酵母和霉菌的大量繁衍，抑制了細(xì)菌的生長(zhǎng)。同時(shí)，這些微生物所分泌的酶對(duì)茶葉內(nèi)含成分進(jìn)行了各種各樣的轉(zhuǎn)化作用。由此可見，良好普洱茶具有的甘滑、醇厚、活順、陳香等品質(zhì)特點(diǎn)與黑曲霉和酵母在普洱茶渥堆中主從優(yōu)勢(shì)有密切的關(guān)系。