在普洱茶渥堆過程中，細菌數目極少，沒有發(fā)現致病細菌，這是各種微生物之間拮抗作用的結果。如酵母和霉菌的大量繁衍，能抑制細菌的生長。同時，國內外研究表明，茶葉中的茶多酚也能抑制對人或動物有致病性的細菌的生長繁殖。
在普洱茶渥堆過程中，除上述幾種微生物外，還有少量和極少量未檢出的微生物。結合普洱茶渥堆過程中主要微生物的消長變化與品質關系的研究結果可知：普洱茶制作過程中微生物的菌種變化是極其復雜的。從不同處理比較分析可知，黑曲霉始終處于優(yōu)勢地位，酵母菌的總數居次，細菌數目極少，沒有發(fā)現有致病細菌。
在普洱茶渥堆過程中，這些微生物都對普洱茶的品質形成產生作用。有的微生物自始至終對普洱茶品質形成發(fā)揮著重要的作用，有的微生物是在普洱茶加工的某一階段發(fā)揮著形成普洱茶獨特風格的作用，有的微生物則不利于普洱茶品質的形成。因此，在普洱茶加工過程中從原料入手，研究普洱茶品質形成的水熱條件，分析普洱茶渥堆過程中微生物的生理特性是揭示普洱茶品質形成機理的核心內容。
微生物生命活動和代謝產物是普洱茶形成的重要因子。在渥堆的過程中，由于濕熱作用為微生物的活動和代謝創(chuàng)造了良好的條件，同時也給茶葉的化學成分變化提供了熱源，加強了酶系活動。又因霉菌能利用各種多糖作為碳源，進行糖代謝，產生大量的多糖和單糖，為酵母提供足夠的營養(yǎng)后迅速繁衍，酵母和霉菌的大量繁衍，抑制了細菌的生長。同時，這些微生物所分泌的酶對茶葉內含成分進行了各種各樣的轉化作用。由此可見，良好普洱茶具有的甘滑、醇厚、活順、陳香等品質特點與黑曲霉和酵母在普洱茶渥堆中主從優(yōu)勢有密切的關系。