微生物肥料是指含有活微生物的特定制品。將它應用到農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中，能夠獲得特定的肥料供應。他和微肥有本質(zhì)的區(qū)別，前者是活的生命，后者是礦質(zhì)元素。
微生物肥料可以概括為三大類：一類是通過微生物的生命活動，增加植物營養(yǎng)元素的供應量，導致植物營養(yǎng)狀況的改善。微生物的生命在土壤中和有害微生物相互拮抗，還能產(chǎn)生抗病、防病、乃至治蟲的作用，用量多少在每畝2公斤左右。這一類有代表性的產(chǎn)品有根瘤菌、固氮菌、解磷菌和硅酸鹽菌（鉀菌）。另一類是微生物的代謝物質(zhì)，如氨基酸、黃植酸等，將它和礦質(zhì)微量元素加以配合，制成液態(tài)或固態(tài)的產(chǎn)品，達到刺激作物生長或抗御病蟲害的作用。每畝地用糧100克左右。再一類是借助微生物腐解有機質(zhì)的功能。例如發(fā)酵或酵素菌，加速農(nóng)家肥或秸稈的腐爛，達到增加土壤腐殖質(zhì)的作用。這一類多家如等量的化學肥料，以保證作物對營養(yǎng)的需求。市場上叫多元有機肥。比如“em”有益菌群。每畝用量多在1000公斤以上。
微生物肥料可用于拌種、浸種、蘸根、做底肥、追肥，溝施或穴施。但以拌種最為簡便更經(jīng)濟、有效。其拌種方法是將固體菌肥加清水調(diào)至糊狀或液體菌劑加清水稀釋，然后與種子充分攪拌，稍晾干厚播種，并立即覆土。有的菌肥也可以和化肥同時拌用作底肥。
微生物肥料是生物活性肥料，因此有特定的施肥要求。一是避免開袋后長期不用，開袋后長期不用，其他均就可能侵入袋內(nèi)，使微生物菌群發(fā)生改變，影響其使用效果。二是避免在高溫干旱條件下使用。在高溫干旱條件下，生存和反之就會受到影響，不能發(fā)揮良好的作用。應選擇陰天或清甜的傍晚使用這類肥料，并結(jié)合蓋土蓋糞交稅等措施，避免微生物肥料受陽光直射或因水分不足而難以發(fā)揮作用。三是避免與為腐熟的農(nóng)家肥混用。這類肥料于為腐熟的有機肥堆漚或混用，會因高溫殺死微生物，影響微生物肥料的發(fā)揮。同時也要注意避免與過酸過堿的肥料混合使用。四是避免與農(nóng)藥同時使用?；瘜W農(nóng)藥都會不同程度地抑制微生物的生長和反之，甚至殺死微生物。若需要使用農(nóng)藥，也應將使用時間錯開。不能用辦過殺蟲劑、殺菌劑的種子拌微生物肥料使用。