對剛出土的除蟲菊幼苗應(yīng)進(jìn)行地面消毒工作，防止幼苗根基腐爛死亡，為此應(yīng)做好以下兩項(xiàng)措施：
一、若在播種時(shí)未進(jìn)行土壤消毒，小苗出土后應(yīng)用多菌靈、唑菌威等殺菌劑進(jìn)行消毒。幼苗要有充分光照，若用大棚育苗濕度不宜太大，棚內(nèi)氣溫達(dá)25度時(shí)應(yīng)適當(dāng)放風(fēng)，讓棚內(nèi)空氣流通。揮發(fā)棚內(nèi)空氣中水份，有利于幼苗健壯生長。
二、除蟲菊幼苗在未形成木質(zhì)化時(shí)，其自身還未開始產(chǎn)生菊酯，為此不具備殺蟲作用，若遭害蟲侵害，需進(jìn)行農(nóng)藥殺蟲，最好選用菊酯類農(nóng)藥，用菊酯類農(nóng)藥不但起殺蟲作用，還可促進(jìn)除蟲菊自身菊酯產(chǎn)生。
除蟲菊幼苗蟲害情況有兩種：一種夜螺蟲，當(dāng)幼苗出土15天左右，夜間害蟲夜螺時(shí)常出來活動，從根部咬斷幼苗，此時(shí)可用呋喃丹在地上撒一層防止夜螺咬苗，一些老種戶在下種時(shí)，就在地面上撒一層早已備好的除蟲菊干粉，防治夜螺咬苗，效果極佳。其次幼苗期也可能遭受蚜蟲侵害，若有蚜蟲侵害，可用菊酯類農(nóng)藥噴打防治。
除蟲菊進(jìn)入成齡苗期，木質(zhì)化不斷增強(qiáng)，自身抗蟲殺蟲菊酯日趨提高，同時(shí)揮發(fā)出一種異香氣味，含有濃厚菊酯成分，昆蟲類害蟲將會避而遠(yuǎn)之。除蟲菊開花期揮發(fā)出菊香氣體，讓人聞著特別舒服，對蚊蠅驅(qū)避效果極佳。