犯罪違法所得的收益的處理措施是由公安機關(guān)妥善進行保管。犯罪嫌疑人的違法所得認定是看行為人是否通過法律禁止的手段獲得利益，對于違法所得的財產(chǎn)一般會作沒收處理。
一、犯罪違法所得的收益怎么處理
犯罪違法所得的收益由公安機關(guān)妥善保管，以供核查處理。
《公安機關(guān)辦理刑事案件程序規(guī)定》第二百三十條
對查封、扣押的財物及其孳息、文件，公安機關(guān)應(yīng)當妥善保管，以供核查。任何單位和個人不得使用、調(diào)換、損毀或者自行處理。對容易腐爛變質(zhì)及其他不易保管的財物，可以根據(jù)具體情況，經(jīng)縣級以上公安機關(guān)負責人批準，在拍照或者錄像后委托有關(guān)部門變賣、拍賣，變賣、拍賣的價款暫予保存，待訴訟終結(jié)后一并處理。對違禁品，應(yīng)當依照國家有關(guān)規(guī)定處理；對于需要作為證據(jù)使用的，應(yīng)當在訴訟終結(jié)后處理。
二、犯罪嫌疑人違法所得怎么認定
行為人通過法律禁止的手段獲取的即可認定為違法所得。違法所得沒收由人民法院依法執(zhí)行。人民檢察院向人民法院提出沒收違法所得的申請，應(yīng)當制作沒收違法所得申請書。對于沒收違法所得的申請，人民法院應(yīng)當在三十日內(nèi)審查完畢。
《刑事訴訟法》第三百條
人民法院經(jīng)審理，對經(jīng)查證屬于違法所得及其他涉案財產(chǎn)，除依法返還被害人的以外，應(yīng)當裁定予以沒收；對不屬于應(yīng)當追繳的財產(chǎn)的，應(yīng)當裁定駁回申請，解除查封、扣押、凍結(jié)措施。對于人民法院依照前款規(guī)定作出的裁定，犯罪嫌疑人、被告人的近親屬和其他利害關(guān)系人或者人民檢察院可以提出上訴、抗訴。
三、違法所得是否扣除成本
違法所得會扣除成本。對于“違法所得”認定，一般情況采取經(jīng)營收入的“全部說”，因此成本與營利都會予以扣除。違法所得，是指行為人從事違反國家法律、法規(guī)規(guī)定的活動，即實施了國家法律、法規(guī)禁止的行為，或未履行法定義務(wù)所獲得的利益。