銀杏的果實具有長柄，核果為倒卵形、橢圓形或近球形，長2. 5—3.5厘米。外果皮由外層的表皮細胞和內層的兩種含有無色透明結晶體的薄壁細胞組成。呈肉質，綠黃色，成熟時為黃色或橙黃色，被白霜，其漿汁有特殊的臭味。外種皮由5～6層圓形或長圓形壁厚、孔溝清楚的石細胞組成，堅硬致密，呈骨質，表皮平滑，為黃白色。
銀杏的果實其先端尖或鈍，具有2～3條縱棱。內種皮由卜—2層圓形、排列整齊的薄壁細胞組成，淡紅褐色，呈膜質。胚乳，亦稱種仁，由含圓形、卵形、橢圓形或三角形單顆淀粉粒的胚乳細胞組成，為肉質，細膩嫩軟，味甜而又稍苦。其臍點有裂縫或呈飛鳥狀。銀杏花柄上的兩個胚珠有時都能發(fā)育成果實，出現雙果現象，但短枝上的果實則多為一個。
銀杏的雄花，為倒垂的柔荑花序狀，具有總柄，簇生于短枝的葉腋，成螺旋狀排列。每一個短枝有3～8個雄花球。雄花長1. 5-2厘米，花柄長l—2厘米。每朵雄花有30-43個花藥柄，柄上有一對花藥，藥室縱裂，藥隔不發(fā)達，每個花藥含花粉4 000-6 000粒。花藥為長橢圓形。其中部飽滿的花粉，比兩端的花粉先成熟。這對延長傳粉期有好處?；ㄋ幒突ǚ壑泻谐视坞x狀態(tài)或結合狀態(tài)的纈氨酸、天門冬氨酸、精氨酸和賴氨酸等16種氨基酸，這些氨基酸對細胞的分化和代謝，具有十分重要的作用。
雌花聚生于短枝頂端，一般為1～8朵。每朵雌花有一珠柄。珠柄長1•2-4，8厘米，下端圓細，向上逐漸扁寬，呈凹形。柄端常分兩叉，少數的為3～5叉或不分叉，各生一具有盤狀珠托的胚珠。通常只有1個胚珠發(fā)育成果實。