1 缺乏足夠的資金，修復難度大
由于鄉(xiāng)鎮(zhèn)經(jīng)濟發(fā)展水平有一定的限制，政府部門的后備資金存儲匱乏，加上水利工程的建設資金較少，較大地阻礙了水利施工改造工程工作的實施，在管護階段若出現(xiàn)質量問題也時常因資金不足不能及時修復好。例：亂扒溝渠、耕種河堤等使水利工程不再完整，但由于政府資金不足，此類問題很難及時處理好。
2 施工環(huán)境差
施工環(huán)境差主要反映在建設單位政策處理難度高、工作量巨大、人民因自身利益減緩工程施行的進程、土石料供應數(shù)量及其質量無法滿足工程需求。
3 一些工程實體質量還有待于提高
因部分工程確保較為健全的質量管理體系，再加上施工工藝滯
后、從業(yè)者缺乏濃厚的質量意識，使工程實體質量存在很多潛在的
問題。同時，在日常施工管理過程當中，往往會有返工、整頓情況
發(fā)生，更有甚者，部分工程還無法達到驗收要求。
4 一些工程缺乏較為完善的質量管理體系
此地區(qū)投資大部分是小型水利工程項目，而在工程建設管理上缺少經(jīng)驗的各村委員會往往是項目的建設單位；而近幾年以來監(jiān)理市場發(fā)展過快，從業(yè)者的素質存在著很大的差異；再加上施工單位項目管理人員無法充分貫徹落實“三檢制”，配備不大完全，導致部分工程的質量保證體系尚不完善。
如今，鄉(xiāng)鎮(zhèn)小型水利工程的結構主要有中溝、大溝、農田小溝等設施，但是，各大設施的產品規(guī)格、布局及其運作手段等均有不同，增加了工程管理的難度。除此之外，村級管理、鄉(xiāng)鎮(zhèn)管護、聯(lián)戶管護等組織間未明確劃分好其相應的權利，導致水利施工管理秩序愈加復雜化。
5 大多數(shù)工程延長施工時間，無法按時完工
施工單位雖然會預先編制并審批施工進度與計劃，但是，在施工時卻時常未嚴格依據(jù)計劃部署組織施工，導致實際和計劃一旦不同也不能及時采用相應手段調整工期，使合同工期的存在只是一個擺設。工程無法按時完成，這既增多了各個參建方的管理費用、又推遲了發(fā)揮出工程效益的時間，為防汛抗臺增添了不少任務。
6 管理不到位，不按規(guī)定操作
由于管理政策較少，部分水利工程在施工過程中產生的違規(guī)操作問題不能及時解決。舉個例子，鄉(xiāng)鎮(zhèn)小型水利工程集分布零散、范圍廣、量大等特征于一身，在勘察期間，出現(xiàn)了橋涵受損、機井被填等與規(guī)定相違背的情況，而這是因水利施工方案不恰當所導致的，但是最為主要的是由于工程管理不及時。