一、范圍不同
工程結(jié)算確定的是工程建設(shè)階段的工程價款，包括建筑工程費、安裝工程費等；
竣工決算包括從籌集到竣工投產(chǎn)全過程的全部實際費用，即包括建筑工程費、安裝工程費、設(shè)備工器具購置費用及預(yù)備費以及監(jiān)理費、設(shè)計費、建設(shè)單位管理費等費用。
二、主體不同
工程結(jié)算是在建設(shè)單位和施工單位之間進(jìn)行，有兩個平等的主體；
工程決算是由建設(shè)單位對工程項目發(fā)生的費用進(jìn)行歸集、分配、匯總編制，只有一個主體。
三、時間不同
工程結(jié)算發(fā)生在工程決算之前，只有工程結(jié)算完成后，才能進(jìn)行工程決算。
四、作用不同
工程結(jié)算是施工單位向建設(shè)單位索取工程報酬的依據(jù)，反映的是項目建設(shè)階段的工作成果；
工程決算是正確核算新增固定資產(chǎn)價值，考核分析投資效果，反映的是綜合、全面、完整的項目建設(shè)的最終成果。
五、依據(jù)法規(guī)不同
目前，工程結(jié)算的編制主要依據(jù)財政部、建設(shè)部聯(lián)合發(fā)布的《建設(shè)工程價款結(jié)算暫行辦法》；
工程決算的編制主要依據(jù)財政部發(fā)布的《基本建設(shè)財務(wù)管理規(guī)定》。
六、審計側(cè)重點不同
工程結(jié)算審計主要側(cè)重于工程造價審計；
工程決算審計包含了對工程及財務(wù)等全部建設(shè)費用的審計。