本文為大家介紹ovirt安裝部署(ovisetup安裝教程)，下面和小編一起看看詳細內(nèi)容吧。
位錯數(shù)目用什么軟件
弗倫克爾對（frenkel pairs）：原子離開其晶格位置進入間隙位置，并在原位置留下空位而形成的缺陷。其特點是插頁和空位總是成對出現(xiàn)。
位錯環(huán)：晶體中的線狀位錯，因位錯運動而產(chǎn)生的環(huán)狀位錯。我從圖中簡單粗略的理解就是間隙的遷移和聚集形成了一個環(huán)。題目中的100指的是位錯環(huán)的burgers向量。 （由于本人不是專門研究位錯的，所以粗略的理解可能有誤）。
ovito軟件之于lammps就像vesta之于vasp，一種計算，一種處理，兩者的結(jié)合讓科研變得簡單。和lammps一樣，這個軟件是開源的，可以在win和linux（ubuntu）系統(tǒng)下使用。百度搜索ovito，分分鐘找到官網(wǎng)下載安裝。
1、如何使用ovito查找frenkel缺陷？
使用ovito尋找frenkel缺陷對，需要準備兩個文件：一個是結(jié)構(gòu)演化前的坐標文件，一個是結(jié)構(gòu)演化過程中的坐標文件（這是使用lammps的dump命令輸出的） .以我上次給出的進化示意圖的制作為例，一共用到了ovito的十個功能，我在下圖中標注出來了。具體操作過程如下：
將進化過程的文件導(dǎo)入到ovito軟件中后，選擇下圖2中標記1（filecontains時間序列）的地方，告訴ovito該文件是一個進化過程文件，然后選擇下圖2中標記2的地方（添加修改），幾乎包含了ovito軟件的所有功能，有興趣的同學可以自行探索。在圖2中標記的2處找到并選擇wigner-seitz缺陷分析（這也是nc文章中提到的缺陷分析方法）；
圖2
然后點擊下圖3中標記5，導(dǎo)入進化前的結(jié)構(gòu)文件。然后你會找到圖3標6的位置，軟件會告訴你找到了多少空位和空隙（一般這兩個值是相等的），繼續(xù)點擊圖3標7的位置（播放鍵） ，ovito會開始自動統(tǒng)計進化過程中每時每刻產(chǎn)生的空位和缺口的數(shù)量。
圖3
不過nc文章里的演化圖只有空位和間隙，沒有fe原子~，繼續(xù)選擇add modification，找到里面的expression select（圖4標8），選擇后ovito會給你一個框，填寫occupancy==1（這是告訴ovito選擇所有沒有離開晶格位置的fe原子），然后選擇delete selected particles at 2（圖4中9處標注），讓ovito選擇這些fe原子atoms 刪除所有原子，這樣只剩下空位和空位，然后再次重復(fù)expression select的過程，選擇occupancy==2 or 0（這是告訴ovito空位或空位都選），然后在find中在add modification中指定顏色（圖4中標記為10），給選中的空位或spacer賦予你喜歡的顏色，然后再次點擊播放按鈕，ovito會為你展示完整的缺陷演化過程。至于圖2中標3和4的兩個地方，一個是輸出進化過程的視頻文件，一個是輸出單張圖片。
圖4
2、如何使用ovito做類似nc文章的位錯環(huán)分析：
由于我重復(fù)了nc文章的級聯(lián)碰撞過程，用到的系統(tǒng)很小，所以根本無法形成位錯環(huán)，所以干脆在fe中手動搭建了一個位錯環(huán)，這里安利另一個建模軟件，atomsk，一個金屬材料（多晶、晶界、位錯和界面等）建模工具，有興趣的同學可以百度，下面是我用atomsk用ovito搭建的fe的位錯環(huán)（導(dǎo)入坐標文件后，選擇dislocation analysis（dxa） ) 直接在添加修改）：
圖5
可以看出ovito不僅可以幫助找到位錯環(huán)，還可以幫助指出幾個位錯環(huán)，每個位錯環(huán)的長度和它的burgers向量（對應(yīng)nc文章的圖3）。
使用ovito 的缺陷分析加上上面介紹的位錯環(huán)分析可以疊加以獲得類似nc 文章中的圖1。有資源有興趣的同學可以再試試。今天先介紹到這里，至此本文能涉及到的軟件基本操作和相關(guān)知識都介紹完了。至于文中的fig.2（涉及到lammps的具體計算和輸出），我會盡量找合適的例子繼續(xù)分享。本文如有疏漏和不足之處，期待您的指正~。
如何在ubuntu系統(tǒng)上使用ovito
自己的文件默認是不能被別人修改的。如果你的意思是連root都不能修改，那是不可能的。根用戶大于一切。這就是linux的法則.
anaconda已經(jīng)安裝上了ovito模塊，但是python卻導(dǎo)入不了，有沒有大佬幫忙解答一下？
看來你的系統(tǒng)默認的python不是anaconda，但你的系統(tǒng)中已經(jīng)安裝了python并且沒有安裝ovito。啟動python 時，我在計算機上查看了第一行。第一行中間應(yīng)該有anaconda, inc。
好了，ovirt安裝部署(ovisetup安裝教程)的介紹到這里就結(jié)束了，想知道更多相關(guān)資料可以收藏我們的網(wǎng)站。