栽培水生花卉的水池應具有豐富、肥沃的塘泥，并且要求土質黏重。盆栽水生花卉的土壤也必須是富含腐殖質的黏土。由于水生花卉一旦定植，追肥比較困難，因此，需在栽植前施足基肥。已栽植過水生花卉的池塘一般已有腐殖質的沉積，視其肥沃程度確定施肥與否，新開挖的池塘必須在栽植前加入塘泥并施入大量的有機肥料。
各種水生花卉，因其對溫度的要求不同而采取相應的栽植和管理措施。
王蓮等原產熱帶的水生花卉，在我國大部分地區(qū)進行溫室栽培。其他一些不耐寒者，一般盆栽之后置池中布置，天冷時移人貯藏處。也可直接栽植，秋季掘起貯藏。
半耐寒性水生花卉如荷花、睡蓮、風眼蓮等可行缸植，放入水池特定位置觀賞，秋冬取出，放置于不結冰處即可。也可直接栽于池中，冰凍之前提高水位，使植株周圍尤其是根部附近不能結冰。少量栽植時可人工挖掘貯存。
耐寒性水生花卉如千屈菜、水蔥、芡實、香蒲等，一般不需特殊保護，對休眠期水位沒有特別要求。
有地下根莖的水生花卉一旦在池塘中栽植時間較長，便會四處擴散，以致與設計意圖相悖。因此，一般在池塘內需建種植池，以保證不四處蔓延。
漂浮類水生花卉常隨風而動，應根據當地情況確定是否種植，種植之后要否固定位置。如需固定，可加攔網。
水體常因流動不暢、水溫過高等原因，引起藻類大量繁殖，造成水質渾濁。防治的方法是：小范圍內可用硫酸銅除之，即將硫酸銅裝布袋懸于水中，用量為1kg/m3;大范圍內則需利用生物防治，如放養(yǎng)金魚藻、貍藻等水草或螺螄、河蚌等軟體動物。