(1)引物及濃度:①長度:15~30bp。②堿基:g+c含量以40%~60%為宜,atgc最好隨機分布,避免5個以上的堿基成串排列。③避免引物內(nèi)部出現(xiàn)二級結(jié)構(gòu)、兩條引物間互補,特別是3′端的互補。④引物3′端的堿基,特別是最末及倒數(shù)第二個堿基,應(yīng)嚴格要求配對。⑤與其它序列無明顯同源性。⑥濃度為0.1~1μmol或10~100pmol。(2)酶及其濃度:催化一典型的pcr反應(yīng)約需酶量2.5u(指總反應(yīng)體積為100μl時),濃度過高可引起非特異性擴增,濃度過低則合成產(chǎn)物量減少。(3)dntp的質(zhì)量與濃度:dntp應(yīng)為50~200μmol/l,4種dntp的濃度要相等(等摩爾配制),過高dntp能與mg2+結(jié)合,使游離的mg2+濃度降低。(4)模板:模板的量與純化程度,是pcr成敗與否的關(guān)鍵環(huán)節(jié)之一,避免dna純化中的sds和蛋白酶k等雜質(zhì)。(5)mg2+濃度:一般的pcr反應(yīng)中,各種dntp濃度為200μmol/l時,mg2+濃度為1.5~2.0mmol/l為宜。mg2+濃度過高,反應(yīng)特異性降低,出現(xiàn)非特異擴增,濃度過低會降低taq dna聚合酶的活性,使反應(yīng)產(chǎn)物減少。(6)溫度與時間:①變性:93℃~94lmin℃,過高或過低的溫度影響酶的活性。②退火:取決于引物的長度、堿基組成及其濃度,還有靶基序列的長度。一般高于tm值5℃~10℃,時間為30~60s。③延伸:常用溫度為72℃,時間根據(jù)待擴增片段的長度而定。(7)循環(huán)次數(shù):主要取決于模板dna的濃度。一般的循環(huán)次數(shù)選在30~40次,循環(huán)次數(shù)越多,非特異性產(chǎn)物的量亦隨之增多。