實(shí)時(shí)熒光定量pcr所使用的熒光物質(zhì)可分為兩種：熒光探針和熒光染料?，F(xiàn)將其原理簡(jiǎn)述如下：
1.taqman熒光探針：pcr擴(kuò)增時(shí)在加入一對(duì)引物的同時(shí)加入一個(gè)特異性的熒光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標(biāo)記一個(gè)報(bào)告熒光基團(tuán)和一個(gè)淬滅熒光基團(tuán)。探針完整時(shí)，報(bào)告基團(tuán)發(fā)射的熒光信號(hào)被淬滅基團(tuán)吸收；pcr擴(kuò)增時(shí)，taq酶的5'－3'外切酶活性將探針酶切降解，使報(bào)告熒光基團(tuán)和淬滅熒光基團(tuán)分離，從而熒光監(jiān)測(cè)系統(tǒng)可接收到熒光信號(hào)，即每擴(kuò)增一條dna鏈，就有一個(gè)熒光分子形成，實(shí)現(xiàn)了熒光信號(hào)的累積與pcr產(chǎn)物形成*同步。而新型taqman-mgb探針使該技術(shù)既可進(jìn)行基因定量分析，又可分析基因突變（snp），有望成為基因診斷和個(gè)體化用藥分析的技術(shù)平臺(tái)。
2.sybr熒光染料：在pcr反應(yīng)體系中，加入過量sybr熒光染料，sybr熒光染料非特異性地?fù)饺雂na雙鏈后，發(fā)射熒光信號(hào)，而不摻入鏈中的sybr染料分子不會(huì)發(fā)射任何熒光信號(hào)，從而保證熒光信號(hào)的增加與pcr產(chǎn)物的增加*同步。sybr僅與雙鏈dna進(jìn)行結(jié)合，因此可以通過溶解曲線，確定pcr反應(yīng)是否特異。
3. 分子信標(biāo)：是一種在5和3末端自身形成一個(gè)8個(gè)堿基左右的發(fā)夾結(jié)構(gòu)的莖環(huán)雙標(biāo)記寡核苷酸探針，兩端的核酸序列互補(bǔ)配對(duì)，導(dǎo)致熒光基團(tuán)與淬滅基團(tuán)緊緊靠近，不會(huì)產(chǎn)生熒光。pcr產(chǎn)物生成后，退火過程中，分子信標(biāo)中間部分與特定dna序列配對(duì)，熒光基因與淬滅基因分離產(chǎn)生熒光。