離子色譜柱是離子色譜儀的核心部件之一，樣品中各種離子的分離均在色譜柱中完成。
分離原理：使用表面有離子交換基團(tuán)的離子交換劑作為固定相。帶負(fù)電荷的交換基團(tuán)（如磺酸基和羧酸基）可以用于陽(yáng)離子的分離；帶正電荷的交換基團(tuán)（如季胺鹽）可以用于陰離子的分離。不同離子與交換基的作用力大小不同，在樹(shù)脂中的保留時(shí)間長(zhǎng)短不同，從而被相互分離。
離子色譜柱的維護(hù)保養(yǎng)十分重要，下面簡(jiǎn)單介紹：
1、接離子色譜柱前確保系統(tǒng)已清洗干凈。色譜柱在任何情況下不能碰撞、彎曲或強(qiáng)烈震動(dòng)；很多單位的離子色譜儀是陰、陽(yáng)離子混用的，因此，接色譜柱前，一定要保證整個(gè)離子色譜儀上的所有閥件或管路已清洗干凈，避免造成色譜柱堵塞。
2、確保離子色譜柱不進(jìn)入顆粒物。樣品一定要經(jīng)過(guò)預(yù)處理，去除顆粒物等會(huì)給泵和色譜柱帶來(lái)負(fù)擔(dān)的物質(zhì)。
3、確保離子色譜柱不干燥。每天分析工作結(jié)束后，要清洗進(jìn)樣閥中殘留的樣品，還要用適當(dāng)?shù)娜軇﹣?lái)清洗柱；若分析柱長(zhǎng)期不使用，要參照色譜柱保存辦法，在沖洗干凈后，對(duì)陰離子柱要通入一定濃度的堿（對(duì)陽(yáng)離子柱要通入一定濃度的酸），并將色譜柱取下兩端密封保存。
4、確保離子色譜柱在一定壓力、流速條件下運(yùn)行。儀器使用時(shí)一定要先檢查整個(gè)流動(dòng)管路中是否有氣泡，如果有，需要先將氣泡排除后再將色譜柱接上，防止將氣泡帶到色譜柱中。因?yàn)樯V柱中裝填的樹(shù)脂顆粒很小，氣泡進(jìn)入后將影響樹(shù)脂和樣品中離子的交換，同時(shí)氣泡也將影響基線的穩(wěn)定性。