這是中國牡丹栽培管理中一項技術性很強的重要措施。它在很大程度上決定著植株生長熱的強弱、開花品質的優(yōu)劣、株形的觀賞效果以及生命周期的長短。因此合理整形，因材修剪，至關重要。應當及時除去繁枝贅芽、枯枝、病蟲枝、維持植株有均衡適量的枝條和美觀的株形，使其通風透光，養(yǎng)分集中，才能生長旺盛，開花繁茂一致。 主要措施包括如下幾項：
（１）選留枝干牡丹定植后，第一年任期生長，可以根頸處萌發(fā)出許多新芽（俗稱土芽）；第二年春天時，待新芽長至１０左右時，可從中挑選幾個生長健壯、充實、分布均勻者保留下來，作為主要枝干（俗稱定股），余者全部除掉。以后每年或隔年繼續(xù)選留１～２個新芽作為枝干培養(yǎng)，以使株叢逐年擴大和豐滿。每年選留枝干數(shù)量常因品種、株齡及應用目的而異。生長勢旺的品種每株可選留５～７枝；生長勢弱、發(fā)枝力不強的品種，可任其生長，多選留幾枝；株齡大者以及為采收繁殖材料（接芽及插穗）者，也應適當選留，而觀賞用植株可少選留。
（２）酌情利用新芽為使牡丹花大艷麗，常結合修剪進行疏芽、標芽工作，使每枝上保留１個芽，余芽除掉，并將老枝干上發(fā)出的不定芽全部清除，以使養(yǎng)分集中，開花碩大。每枝上所保留的芽應以充實健壯為佳。有些品種生長勢強，發(fā)枝力強且成花率高，每枝上常有１～２個甚至３個芽均可萌發(fā)成枝并正常開花，對于這些品種每枝上可適當多留些芽，以使增加著花量和適當延長花期；而某些生長勢弱、發(fā)枝力弱并且成花率低的品種則應堅持１枝留１芽的修剪措施，否則就會造成養(yǎng)分分散，不易開花或開花品質低下的結果。
另外開過花的植株，如不作留種，應及時剪去殘花，不使其結實，以免徒耗養(yǎng)分。入冬前或早春還應當剪去每枝上部枯死部分的枝梗。