茶尺蠖小rna病毒5’端非編碼區(qū)的克隆和測序及與哺乳動物小rna病毒的比較分析

發(fā)布時(shí)間：2024-07-28

用trizol從純化的茶尺蠖ectropis oblique小rna病毒(eopv)中提取病毒基因組rna，逆轉(zhuǎn)錄后加poly(dt)，然后進(jìn)行兩步pcr擴(kuò)增基因組5’端?？寺y序后，對其5’端非編碼區(qū)的核苷酸序列進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)具有哺乳動物小rna病毒的5’端非編碼區(qū)的一些特征：a／t含量豐富、起始密碼子上游aug和小順反子多。利用mfold預(yù)測了eopv5’端非編碼區(qū)的二級結(jié)構(gòu)，存在4個(gè)莖環(huán)結(jié)構(gòu)，有哺乳動物內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)(ires)的保守區(qū)域，即含保守基序gnra的莖環(huán)a和a／c豐富的環(huán)b及多聚嘧啶區(qū)域。據(jù)此推測eopv基因組翻譯采用ires起始機(jī)制。完成機(jī)構(gòu)：武漢大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院，武漢430072