高起始量帶分子標(biāo)簽的dna-seq分析
thruplex®tag-seq hv
·更可靠的dna-seq分析：文庫中整合了離散且均衡的分子標(biāo)簽（umis），提供更可靠的數(shù)據(jù)表現(xiàn)！
·兼容更高起始量的多種樣本：5至200 ng ffpe dna、cfdna起始，30 μl建庫體積，無需濃縮樣本！
·刪繁就簡：單管三步操作流程，2 h內(nèi)完成illumina文庫構(gòu)建！
·一致高效：無畏起始量差異，高實(shí)驗(yàn)重復(fù)性、更均一的文庫覆蓋度，高gc含量區(qū)域偏差更??！
·更適合于稀有突變分析，減少擴(kuò)增誤差及測序錯誤！
■ 產(chǎn)品說明
目前，將ngs用于正確檢測低頻突變的關(guān)注度逐漸上升。各領(lǐng)域科研人員正在突破稀有突變檢測靈敏度與特異性的瓶頸，而這些問題主要是由樣品準(zhǔn)備、擴(kuò)增偏差及測序錯誤所引起的。而向illumina文庫添加*的分子標(biāo)簽（unique molecular identifiers, umis）與*的雙端index(unique dual indexes, udis)，能有效改善稀有突變檢測的準(zhǔn)確性。出于文庫制備與測序質(zhì)量直接相關(guān)的考慮，我們特別優(yōu)化推出了接頭上帶umis及整合udis的全新產(chǎn)品——thruplex tag-seq hv試劑盒。該產(chǎn)品保留了單管流程、操作簡便的特點(diǎn)，支持5至200 ng input dna起始用于稀有變異分析！
正確的樣本數(shù)據(jù)回溯、更小的手動操作誤差，科研人員再不用擔(dān)心珍貴樣本損失了！
■ 來自umis的“助攻”
thruplex tag-seq hv在莖環(huán)形接頭上引入了離散的umis，文庫中每個dna分子有144種可能的標(biāo)簽組合，漢明間距超過6，具有高度的差異性。我們特別設(shè)計了umi序列，以使序列顏色分布達(dá)到平衡，在illumina平臺上能獲得更好的測序數(shù)據(jù)。我們也謹(jǐn)慎調(diào)整了各umi接頭的濃度，以使144種序列組合在各種dna起始量都能均勻展現(xiàn)，減少偏差。
由7位堿基所組成的umis位于reads的開始位置，能夠”tag”到dna模板上，用于識別一致序列，減少擴(kuò)增或者測序錯誤帶來的假陽性突變。
這種特別優(yōu)化的umis設(shè)計，確保了更簡便的樣本demultiplexing過程，分析更容易！
■ “抓住”游離dna，“揪出”稀有突變
游離dna（cfdna）是由細(xì)胞凋亡后所釋放，游離于體液中的dna小片段。對cfdna的測序分析具有較大難度，特別是涉及腫瘤學(xué)研究中的稀有突變分析時。
takara科學(xué)家采用thruplex tag-seq hv對10 ng起始的quan-plex patient-like ctdna標(biāo)準(zhǔn)品（accuref）構(gòu)建文庫，該ctdna(循環(huán)腫瘤dna)標(biāo)準(zhǔn)品帶有一系列特征化的不同頻率（0%，1%，5%）突變位點(diǎn)。文庫構(gòu)建完成后，腫瘤相關(guān)的基因采用idt xgen pan cancer panel進(jìn)行捕獲富集。結(jié)果顯示目標(biāo)區(qū)域的捕獲高效可靠，10 ng起始的dna樣本約有79%的reads來自或者接近目標(biāo)區(qū)域。
上表數(shù)據(jù)顯示，由坐標(biāo)法或umis去除重復(fù)reads后的目標(biāo)區(qū)域平均覆蓋度是相似的，與picard markedduplicates所報道的pcr duplication結(jié)果一致。
隨后，takara科學(xué)家用umis鑒定了ctdna標(biāo)準(zhǔn)品中特定位點(diǎn)的實(shí)際突變頻率，結(jié)果顯示，檢測到的突變頻率分別與預(yù)期1%、5%的等位突變頻率接近，而陰性對照組沒有在位點(diǎn)處檢測到任何突變。
如果采用未去重的文件或僅用坐標(biāo)法去重的文件，會檢測出大量的超過0.5%等位基因頻率的不一致突變。而umis引入、校正后，相應(yīng)突變體的數(shù)量變少了，結(jié)果的正確性進(jìn)一步提升，顯示出umis在降低擴(kuò)增及測序錯誤上的重要作用。
更具代表性的是，使用未去重或者僅用坐標(biāo)法去重的文件分析，在預(yù)期的egfr l858r突變附近觀察到大量的低頻及隨機(jī)等位基因頻率突變。而用umi校正、過濾后的一致性序列reads，清除了假陽性突變，得到了預(yù)期的突變分析結(jié)果！
訂購信息：
品牌 code no. 產(chǎn)品名稱 包裝量
clontech r400742 thruplex®tag-seq hv 24 rxns
clontech r400743 thruplex®tag-seq hv 96 rxns
clontech r400735 thruplex®tag-seq hv core components 96rxns
clontech r400734 thruplex®tag-seq hv core components 24rxns
clontech r400739 thruplex®hv udi 1-24 24 rxns
clontech r400738 thruplex®hv udi set a 96 rxns
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