便攜式離子阱質(zhì)譜鑒定蛋白質(zhì)便攜式離子阱質(zhì)譜在確定蛋白及其翻譯后修飾上發(fā)揮了*的作用。cad是一種常見的分析鑒定蛋白質(zhì)的技術。一般用將蛋白質(zhì)消化成較小的多肽，然后用反相色譜將其分離，并直接注入電噴霧質(zhì)譜儀檢測，通過串聯(lián)質(zhì)譜（ms/ms法）獲得序列信息。通過電噴霧電離這些多肽形成幾種帶電狀態(tài)的肽離子，而較低帶電狀態(tài)的適合cad分析。低能量的cad串聯(lián)質(zhì)譜一直是常用的分析方法，通過裂解肽離子進行后續(xù)的序列分析。
便攜式離子阱質(zhì)譜翻譯后修飾分析，如磷酸化，磺酸化和糖基化很難用cad進行分析，因為這些修飾通常是不穩(wěn)定且容易丟失肽骨架的碎裂信息，從而導致很少或幾乎不能得到肽序列和磷酸化位點。利用常規(guī)的cad質(zhì)譜對于含多個堿性殘基多肽測序也是極為困難。
便攜式離子阱質(zhì)譜根據(jù)不同的蛋白質(zhì)序列，有時會產(chǎn)生過小或過大的肽段。在這種情況下，缺乏可信的序列分析手段。因此cad對短的，低帶電的多肽是的。對于鑒定蛋白和了解蛋白的生物學功能，這是一種廣泛使用的方法，然而，限制了研究者分析了所有的肽段，這也阻止多個翻譯后修飾位點的檢測和了解這些蛋白的生物學功能。
etd是基于離子/離子氣相化學一種碎裂多肽的新方法。etd通過從陰離子自由基到質(zhì)子肽轉(zhuǎn)移電子的化學能量將肽碎裂，這引起多肽骨干的分裂。etd產(chǎn)生的骨干肽序列和肽側(cè)鏈的信息往往與cad互補。
etd已成功應用與線性離子阱以及其前身三維離子阱。雖然etd在三維阱的執(zhí)行價格具有競爭力且和cad自身相比提供了好處，這樣的組合并沒有提供蛋白質(zhì)組學分析所需的技術能力。非線性離子阱的etd，它一直未能很好控制裂解過程，而且由于三維阱離子存儲能力的有限不能處理大量的多肽?；诖?，研究人員已經(jīng)提出etd功能應用于線性離子阱。